Die Gemeinde Holzheim besteht aus den Ortschaften Altenbaindt, Ellerbach, Eppisburg, Holzheim und Weisingen.

Wappen der Ortsteile

Die Gemeindewappen dürfen nur mit Genehmigung der Gemeinde Holzheim verwendet werden (Art. 4 Abs. 3 Gemeindeordnung).

  Altenbaindt:  
auf rotem Grund aufsteigender, goldener Flechtzaun als Hinweis auf den Ortsnamensteil "-baindt", ein umzäuntes, der privaten Nutzung vorbehaltenes, Stück Land. Im Schildhaupt ein halbes, goldenes Rad mit fünf silbernen Messern als Symbol der Zugehörigkeit zum Dominikanerkloster St. Katharina in Augsburg (1357 - 1803). 
Genehmigt wurde es am 14.05.1970.
  Ellerbach:  
blau-gold gespaltenes Schild mit vorderem schwarzen Fuchs mit Anker in den Vorderpfoten, hinten einen goldenen Löwen. Farbgebung und Wappentiere sind Bestandteile des Wappens Benedikt II. v. Hohenberg.  Er war Abt des Klosters Fultenbach (1665 - 1683), dem der Ort zugehörig war (1150 - 1803). 
Genehmigt wurde es am 11.07.1966.

  Eppisburg:  
rot-silber gespaltener Schild mit verwechselten Farben im Schildhaupt als Symbol der Zugerhörigkeit zum Hochstift Augsburg (1570-1803). Durch die Reformation kam die Ortsherrschaft des Dominikanerklosters St. Margareth in Augsburg über die Reichsstadt Augsburg an den Hochstift Augsburg. An das Kloster erinnert der gold-grün geteilte Drache (Basilisk). Die beiden Türme im Schildhaupt erinnern an den Ortsnamensbestandteil "-burg", als auch an die beiden auf Eppisburger Gemarkung liegenden ehemaligen Burgen.  
Genehmigt wurde es am 03.02.1971.
  Holzheim:  
rot-silber gespaltenes Schildhaupt als Symbol der Zugerhörigkeit zum Hochstift Augsburg (-1803). Der Löwe der vorderen Wappenhälfte ist dem gräflichen Adelmannschen Wappen entnommen, da ein Spross dieser Familie, der Humanist Conrad v. Adelmannsfelden, hier lebte und verstarb (1547). Die drei Sterne auf blauem Grund sind dem Wappen des, aus Holzheim stammenden, Abtes Michael Dobler v. Deggingen entnommen.  
Genehmigt wurde es am 05.06.1967.
  Weisingen:  
rot-silber gespaltener Grundschild als Symbol der Zugehörigkeit zum Hochstift Augsburg (1450-1803). Links silberne Raute in rotem Schild als Wappenzeichen der Herren v. Grafenegg. Rechts zwei gestürzte Schwerter als Zeichen der Herren v. Weisingen, als deren Vorgänger.  
Genehmigt wurde es am 03.08.1967.